东方医院筹建于1986年，于1999年12月12日正式开业，是北京中医药大学第二临床医学院，国家中医药管理局直管单位，首批国家中医临床研究基地，是一所特色明显、功能齐全、设备先进，集医疗、教学、科研、预防和健康咨询为一体的三级甲等中医医院，是直属教育部管理、进入国家“211工程”建设的北京中医药大学所属附属医院，北京市医疗保险定点医院。2011年6月，北京中医药大学东方医院正式接收北京二七机车厂医院，命名为北京中医药大学东方医院西院区（二七院区）。2015年5月25日东方医院正式签约大兴南院区，命名为北京中医药大学东方医院南院区（经开区院区）。医院现为一院三区：即东方医院方庄院区、东方医院西院区（二七院区）、东方医院南院区（经开区院区）。总占地面积5.68万平方米，总建筑面积12.43万平方米。